Запрет на попадание приложения в список часто используемых программ
Можно не удалять список часто используемых программ (смотри совет выше), а запретить отдельным программам попадать в этот список. Для этого откройте раздел HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\Имя_Программы.exe и создайте пустой строковый параметр NoStartPage.
